贲门癌最终的确诊，必须要通过胃镜去进行确诊。
因为医学上要诊断为癌症，必须要取到组织进行病理学的检查，而胃镜就是通过内镜的方式，对贲门、胃腔内进行检查，对发现可疑病变的地方进行取材，取出组织送到病理科进行病理学的检查。
对大型的三甲医院而言，出现误诊的几率几乎为零，这就意味着如果是通过胃镜取活检明确是癌变的情况下，几乎百分之百就是癌症，就是所说的已经出现癌变。但如果是做胃镜取出后未检测出，但其他检查又怀疑是癌，这时就要警惕会不会是贲门处取的组织还不够多，所以就没有查出癌变。
所以取到是癌，就一定是癌。但是如果没取到癌，又结合其他检查怀疑是癌的情况下就要警惕，甚至有可能再次去做胃镜多取材，然后去进一步去明确诊断。
