治疗肝内胆管结石最好的药，是要根据肝内胆管结石的症状判断。并不存在单纯的最好的药。
第1，肝内胆管结石，如果目前没有任何的症状，也没有引起其他的异常，结石的数量不多，这种情况，一般不需要药物治疗，定期复查随访即可。
第2，就是肝内胆管结石，如果引起了胆道的感染，反复出现畏冷、寒战、高热、右上腹闷痛等症状。那这个时候的药物治疗，主要是以控制胆道感染的药物，包括消炎，解痉，对症的处理，其中消炎，主要是使用头孢类的，或者说甲硝唑类的。这些都是可选的，具体要根据目前感染的，细菌药敏结果来选择。解痉类的药物，可以考虑654-2或者阿托品。
另外，针对并没有明确的胆道梗阻的，还可以使用利胆的药物，来缓解相应的症状，比如熊去氧胆酸等等。所以这种情况下，主要是针对肝内胆管结石，合并胆道感染中，最适合使用的药物。
第3，针对肝内胆管结石，如果有合并更严重的情况，如肝萎缩、肝脓肿、肝内胆管癌。这种情况下，是需要考虑手术治疗的。特别是肝内胆管癌中，单纯的手术治疗往往是不够的，还需要结合化疗，靶向，免疫治疗。具体要根据肝内胆管癌，具体的病理类型，恶性度，以及它的基因，靶点来进一步的确认药物的使用。
