巨细胞病毒感染的治疗主要是抗病毒治疗，对于有临床症状和先天性的巨细胞病毒感染可以进行抗病毒治疗。进行免疫抑制治疗的患者应定期监测巨细胞病毒激活情况，一旦激活应尽早进行抗病毒治疗，一般可用更昔洛韦、缬更昔洛韦、膦甲酸钠等药物。
1、更昔洛韦：是目前抗巨细胞病毒治疗的首选药物，对免疫抑制的巨细胞病毒感染的患者治疗有效率高达80%。因该药口服利用度差，故应静脉给药，疗程14-21天。免疫缺陷者疗程需更长，一般为28天。
2、缬更昔洛韦：为更昔洛韦的前体，口服后迅速转化为更昔洛韦，口服利用度高，用于治疗艾滋病患者、巨细胞病毒、视网膜炎以及预防高危移植受体的巨细胞病毒病。
3、膦甲酸钠：常用于不能耐受更昔洛韦，和应用更昔洛韦治疗无效的巨细胞病毒感染患者。
4、巨细胞病毒特异性的免疫球蛋白：用高效价的巨细胞病毒特异性免疫球蛋白，可以中和巨细胞病毒，阻止其细胞毒性，减轻危重患者的病毒血症。
5、干扰素、转移因子：巨细胞病毒对干扰素以及转移因子的敏感性低，一般不作为病原治疗。另外，丙氧鸟苷可防止巨细胞病毒扩散。
