子宫腺肌症的治疗应根据患者的症状、年龄，以及生育要求而定。目前来说，并没有根治性的药物，对于症状较轻且有生育要求的患者，或者是近绝经期的患者，可以应用达那唑、孕三烯酮或者是促性腺激素释放激素类药物，如亮丙瑞林、戈舍瑞林来治疗。需要注意的是，这些药物都有一定的副作用，并且在停药后症状可以继续出现。在应用激素类药物的时候要注意患者骨丢失的风险，可以给予添加一些钙剂补充。
对于年轻或者是希望有生育要求的子宫腺肌症患者，可以试行病灶挖除术，但是术后还是有复发的风险。对于症状比较严重，而且没有明显的生育要求的患者或者是药物治疗无效的患者，可以考虑行全子宫切除术。是否保留卵巢取决于卵巢是否有病变，以及患者的年龄。达那唑对于子宫上的病变并没有明显的效果，而且不良反应比较大，所以目前临床上也比较少用。
