口服铁剂的胃肠道副作用极其常见，包括金属味、恶心、肠胃气胀、便秘、腹泻、上腹不适或呕吐。患者还可能因皮肤瘙痒和黑色/绿色或柏油便沾染衣物或造成对出血的担心而烦恼。导致口服铁剂的服药依从性可能会受到影响，减少口服铁剂的副作用和提高耐受性的干预措施包括：
1、拉长用药间隔为隔日1次。
2、调整饮食，不过这可能会减少铁吸收。
3、换成元素铁含量更低的铁剂。
4、从片剂改为液体剂型，便于调整剂量。
5、使用大便软化剂或膨胀性轻泻药，餐后定时排便以利用胃结肠反射，以及在排便时用矮凳支撑脚。
一旦找到了耐受剂量，有时可以在耐受的前提下缓慢地增加剂量。如上文所述，对于很多群体来说，还可以选择改用静脉铁剂。
