肛瘘的临床表现主要是反复肛周硬结、破溃、流脓，瘘管及内口反复刺激使纤维组织增生，管壁形成结缔组织。当外口闭合的情况下，瘘管内分泌物引流不畅通，就会伴发有疼痛，平时有脓液或者是分泌物流出，也会刺激到肛门周围的皮肤，出现瘙痒的症状。
痔疮的主要临床表现是肛缘有肿物凸起和便血，另外还有疼痛。
痔疮与肛瘘症状虽部分相似，但还是可以分辨的。
1、生成位置不同：外疮一般生长在肛门缘，与肛门紧紧相连接; 而肛瘘在外口，距肛缘有一定距离。
2、症状不同：痔疮多是以肿物凸起为主，而肛瘘主要是肛门的红肿、热痛，有肛周脓肿的病史。
3、通过肛门指检进行进一步的鉴别。
