不适合进行针灸治疗的疾病较多，若患者身体气血亏虚较严重，如大出血、大吐、大泄、大汗后，最好不要进行针灸治疗。形体极度消瘦的患者，如患癌症或慢性肝炎晚期等，最好不要进行针灸治疗。
白血病人群不适合针灸，自发性出血倾向或因损伤后出血不止的凝血机制障碍患者，此类人群不宜针灸，尽量避开血管针刺，以防出血。若患有传染性强的疾病，也不要进行针刺治疗。
除此之外，还有皮肤感染溃疡者、精神极度紧张者、孕妇小腹及腰骶部穴位及某些针感强烈的穴位，如合谷、三阴交等，也应禁针。有习惯性流产史者慎用针刺，月经期间如不是为了调经，也不宜用针，如非必要，也应避免针灸治疗。治疗前最好详细咨询医生，及时告知身体的情况，做好准备后再进行。
